Le plus-que-parfait du subjonctif est un temps surtout employé en littérature à la troisième personne du singulier et c'est là sa principale difficulté. Il permet d'exprimer une action incertaine en principe réalisée au moment où on parle.
Je ne pensais pas qu'il eût terminé à temps.
Dans une phrase où la proposition principale est à l'imparfait de l'indicatif, on utilise le plus-que-parfait du subjonctif dans la subordonnée pour rester cohérent avec la concordance des temps.
Pour bien pouvoir former le plus-que-parfait du subjonctif, il faut savoir conjuguer les auxiliaires avoir et être à l'imparfait du subjonctif et savoir former le participe passé. Les principales difficultés du plus-que-parfait du subjonctif viennent de son usage limité en littérature et des accords avec le participe passé. On notera bien l'accent circonflexe avec "il" : il eût fini et il fût parti.
Voici un exemple de verbe conjugué au plus-que-parfait du subjonctif avec les auxiliaires avoir et être :
Sujet | Auxiliaire (avoir) | Participe passé (finir) |
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que j' | eusse | fini |
que tu | eusses | fini |
qu'il | eût | fini |
que nous | eussions | fini |
que vous | eussiez | fini |
qu'ils | eussent | fini |
Sujet | Auxiliaire (être) | Participe passé (venir) |
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que je | fusse | venu |
que tu | fusses | venu |
qu'il | fût | venu |
que nous | fussions | venus |
que vous | fussiez | venus |
qu'ils | fussent | venus |